Steve jobs est un génie, mais le coup de faire des claviers differents ça n'est pas à 100% une super idée. En particulier quand on veut faire tourner linux ou windows sur un mac. Comme j'ai encore passé un temps dingue a essayer d'avoir un clavier apple qui se comporte a peu prêt correctement sous linux (et qui permet en prime d'avoir le middle-click avec le clavier), voici le .Xmodmap auquel j'ai abouti:

! dans le xorg.conf je pars de : XkbModel macintosh , XkbLayout fr
! curieusement les touches @# et <> sont inversees
! en prime , j'assigne le middle click a 'ISO_Level3_Shift-<'
keycode  94 = at numbersign periodcentered Ydiaeresis periodcentered Ydiaeresis
keycode  49 = less greater lessthanequal greaterthanequal Pointer_Button2 Pointer_Button2
! je remplace le dead tilde par un tilde pas dead
keycode  57 = n N asciitilde dead_tilde asciitilde dead_tilde
! fait en sorte que les deux touches 'option' fonctionnent comme sous mac
keycode 64 = ISO_Level3_Shift
! utilise la touche 'command' en tant que alt/meta
keycode  115 = Alt_L Meta_L
! je vire les nobreakspace parce que ca pue
keycode  65 = space space space space space space

! pas trop compris la... 
remove mod1 = ISO_Level3_Shift
add mod1 = Alt_L